История центра урологии, тесно связанная с Вильнюсским университетом, берёт начало в 19 веке, когда знаменитый врач того времени Й.Нишковскис произвёл первые в Вильнюсе литотомические операции. На академическом уровне центр урологии начал формироваться на базе возрожденной после второй мировой войны кафедры хирургии Вильнюсского Университета, где осуществлялось обучение студентов и повышение квалификации врачей. В 1976 г. на кафедре хирургии под руководством профессора А.Сучилы был введен отдельный курс урологии, руководителем которого стал доцент П.Черняускас. После обретения Литвой независимости и реформирования академических структур факультета медицины, в 1990 г. была создана кафедра нефроурологии (заведующий - профессор Б. Дайнис). В 1999 году, после того как кафедра стала частью больницы Сантаришки при Вильнюсском университете, образовалось два нефроурологических отдела: I-ый нефроурологический отдел специализировался на лечении урологических патологий, II-ой – на терапии урологических и нефрологических заболеваний. Дальнейшее реформирование больницы на академическом и инфраструктурном уровнях привели к созданию в 2006 году Центра урологии (руководитель – профессор Ф.Янкявичюс).